労災でのトラブルとしては、まず事業所がいくつかある場合に、本社は労災の手続きをしていたけれど、他の事業所は労災の手続きを行っていなかったために、労災未加入事業所として労災の適用を受けられなかったという場合が想定されます。そうならない為にも、チェーン店や支店がある場合には、労災保険にそれぞれ加入し、一括の手続きが必要です（これを労働保険の継続一括適用）。
また、本社は事務機能だけで、工場が他にある場合には、労災保険料率が異なるため、注意が必要です。
さらに、建設業等では、元請が労災に加入するので、有期事業の一括の手続きが必要です。その分、下請は特別な手続きは不要です。
一番問題となるのは、社用車等で他の第3者を巻き添えにした場合の労災です。この場合、労災と民間保険や自賠責とは相殺されますが、自賠責保険の責任の範囲と労災保険の責任の範囲は異なります。労災保険では慰謝料までは補てんしませんので、先に労災保険を使用するようにしましょう。
