実際に従業員が休職した場合には、社会保険から傷病手当金がでます。これは連続3日休んだ後に、4日目以降から最大1年6カ月支給されます。金額は標準報酬日額(給与に対する社会保険の等級表の額)の2/3とされています。手続きは各健康保険組合によって変わってきますが、協会けんぽの場合「傷病手当金支給申請書」を定期的に届け出ると振り込まれる仕組みとなります。
また、休職ではありませんが、育児休業の場合には「育児休業等取得者申出書」を提出します。そうすることで社会保険料額が免除になるだけでなく、従前の厚生年金を支払っていたものとみなされます。他に申請することにより、出産手当金・出産一時金も支給されます。